馬理信牧師早年來華宣教,得年青宣教士微勞士(Verent John Russell Mills, 1913-1996)襄助,於1939年在清遠白灣開辦「明德聖經學校」,成為日後神召神學院的雛形。戰後馬理信牧師重返中國,於1947年將聖經學校遷至廣州怡樂村,學校正式定名為「神召聖經學院」(Ecclesia Bible Institute),馬牧師則擔任學院首任院長。 但因1949年中國時局大變,學院遷至香港長洲。後於1953年在新界沙田購地建校,並於 1954 年落成啟用。
1983年,學院由三年的學制改為四年制的學士課程,並易名為「神召神學院」(Ecclesia Bible College)。為提昇學術水準,本院於1990年加入為亞太神學協會 (APTA: Asia Pacific Theological Association ) 會員,並於於 1997年成為亞太神學協會的檢定學院 (accredited school)。亞太神學協會(Asia Pacific Theological Association)乃世界五旬宗神學教育聯盟 (World Alliance of Pentecostal Theological Education)的成員。
踏入廿一世紀,隨著時代的需要,神召神學院除原有的學士課程外,陸續開展碩士以上程度的課程。繼五旬宗研究碩士(Master of Pentecostal and Charismatic Studies, 1997 - )後,更開設道學碩士 (Master of Divinity, 2000 - )、基督教事工碩士 (Master of Christian Ministries, 2004 - ),亦同時提供全英語授課的基督教事工碩士課程。後來亦開辦華文的教牧學博士課程(Doctor of Ministry, 2006 - )。成為現時全球認可的五旬宗神學院中,首間提供華文教牧學博士課程的學院。